廣西北海生態監控區 生態系統處于健康狀態。紅樹林分布區總面積保持不變，紅樹林群落基本穩定。紅樹林鳥類種群數量有所增加，鳥類棲息環境不斷改善，留鳥數量不斷增加。池鷺、小白鷺、白鷺和牛背鷺等鷺鳥數量在70～1 300只之間。林區底棲動物豐富，鋸緣青蟹、中華烏塘鱧、海鰻種群數量增加。
2008年早春發生的50年一遇的冰凍災害天氣，給保護區的紅樹林群落造成了較大的破壞，受害紅樹林總面積1 793畝，永安核心區木欖植物受害嚴重，成樹死亡率12.0%以上，10齡以下幼樹死亡率接近100%；紅樹林蟲害仍然嚴重，蟲害總面積3 960畝；互花米草繼續危害本地種紅樹林生長、生存和發展，五年連續監測結果顯示，互花米草的面積年均擴展速率達到41.1～48.4平方米/年，互花米草入侵區底棲動物分布數量明顯減少。
山口紅樹林自然保護區內的淀沙洲下量尾、英羅港烏坭海草床分布區和北暮鹽場五七海區海草床分布區的監測結果顯示，下量尾海草床因受挖沙蟲、耙螺和電魚電蝦等人為活動的影響，從2005年起逐漸衰退，面積逐漸減小，2007年草場已基本破壞殆盡；北暮鹽場五七海區海草床分布面積約6.2公頃，較2007年略為減少，海草種類為喜鹽草和二藥藻混生，蓋度為20%～95%，生長狀況較好；英羅港海草床為喜鹽草單生，因長期受人為活動的干擾破壞，生長狀況一直不良，海草稀疏，海草葉片多污損海洋生物附著，常被雜物和泥沙掩埋。
潿洲島珊瑚礁兩個監測區監測結果顯示，竹蔗寮近岸海域的活珊瑚蓋度為43.1%，公山近岸海域為40.6%，最近死亡珊瑚比例很小，大多數死亡珊瑚的死亡時間都長達數年。近年來未出現珊瑚大規模持續死亡的情況，營養化指示海藻很少出現，表明2002年發生珊瑚大量死亡以后，珊瑚礁生態系統基本穩定，但沒有明顯的恢復跡象。
北侖河口生態監控區 生態系統處于健康狀態。沉積物質量良好，但水體無機氮和活性磷酸鹽普遍超標，北侖河出海口的獨墩、竹山和榕樹頭斷面水質多為超第二類海水水質標準。紅樹林種類多樣性及群落類 型穩定、生境完整。紅樹幼苗生長良好，無大面積病蟲害發生。紅海欖群落受2008年早春冰凍災害天氣影響，出現整株葉片枯黃脫落和死枝現象。紅樹林鳥類種類豐富，夏季和秋季共監測到鳥類63種，上述兩個季節鳥類的平均密度分別為25只/公頃和31只/公頃。近年來，紅樹林鳥類的種類數量和密度有所下降，鸻鷸類很少出現。
北侖河上游東興市的市政污水及附近養殖塘養殖污水的排放是導致水體氮、磷營養鹽含量超標的主要原因。
海南東海岸生態監控區 生態系統處于健康狀態。海水氮、磷和石油類含量均符合第一類海水水質標準，水質優良。鹿回頭、西島、蜈支洲、龍灣、銅鼓嶺、長玘港、亞龍灣、大東海、小東海等主要珊瑚礁分布區活珊瑚的蓋度分別為20.9%、35.4%、72.5%、26.9%、23.3%、41.2%、35.4%、21.6%和43.4%，硬珊瑚的補充量分別為0.7個/平方米、0.5個/平方米、0.5個/平方米、0.2個/平方米、0.4個/平方米、0.7個/平方米、0.4個/平方米、0.1個/平方米和0.9個/平方米，珊瑚礁魚類種類較豐富，分布密度平均為7尾/百平方米。
高隆灣、龍灣港、新村港、黎安港和長玘港等主要海草分布區海草的平均蓋度分別為17%、36%、37%、24%和24%，泰萊草、海菖蒲等優勢種的分布與蓋度基本穩定，平均蓋度分別為31%和25%。
連續五年監測結果表明，珊瑚、海草種類多樣性和群落結構基本穩定。漁業、養殖業、海洋工程、非法捕撈和旅游業等是海南沿岸珊瑚的主要威脅，不合理的海水養殖活動直接威脅黎安港等區域海草生境的完整性，海岸帶開發及污染物排放導致的水體懸浮物含量升高，局部區域透明度下降是珊瑚礁和海草床生態系統的主要潛在威脅。
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