蘇北淺灘生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。水體氮磷比失衡，局部水域活性磷酸鹽含量超第四類海水水質標準。近10%海域沉積物中硫化物含量超第一類海洋沉積物質量標準。部分生物體內鉛含量偏高。生物群落結構狀況一般，春季，浮游植物密度偏低，平均為3.4×104個細胞/立方米；春季和夏季，浮游動物密度明顯偏低，平均值分別為2 504個/立方米和2 278個/立方米；魚卵、仔魚平均密度分別為4個/立方米和45尾/立方米。
連續五年的監測結果表明，蘇北淺灘生態系統健康狀況總體處于穩定狀態。水體氮磷含量呈下降趨勢，但水環境質量指數波動較大，水體富營養化、氮磷比失衡現象依然存在。底棲生物棲息密度和生物量始終偏低，尤其是潮間帶生物資源衰退等生態問題仍然嚴重。灘涂圍墾、陸源排污和過度捕撈等是威脅蘇北淺灘濕地生態系統健康的主要因素。
長江口生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。水體富營養化嚴重，氮磷比嚴重失衡，春季和夏季，大部分水域無機氮和活性磷酸鹽含量超第四類海水水質標準。全部生物殘毒檢測樣品中石油烴和鉛含量偏高，部分生物體內砷、鎘和總汞含量偏高。生物群落結構異常，生物多樣性和均勻度較差，夏季浮游植物密度偏高，平均為6 719×104個細胞/立方米，生物多樣性指數平均為1.71，均勻度平均為0.39；春季浮游動物密度偏低，平均為1 346個/立方米；春季底棲生物棲息密度偏高，為191個/平方米，生物多樣性指數平均為1.95，均勻度平均為0.69；魚卵、仔魚密度低，平均密度分別為0.34個/百立方米和6尾/百立方米。
連續五年的監測結果表明，長江口生態系統健康狀況總體穩定，但始終處于不健康和亞健康之間的臨界狀態。長江口水體富營養化、氮磷比失衡嚴重，水體溶解氧含量呈下降趨勢，局部出現溶解氧低于2毫克/升的低氧區。部分生物體內銅、鋅、砷、鎘和鉛含量偏高。長江口生物群落結構狀況總體上仍然較差，長江沖淡水區域生物群落結構基本保持穩定；長江口門以內區域生物群落結構趨于簡單，生物種類減少，生物多樣性降低；漁業生物資源衰退等生態問題嚴重。陸源排污、長江來水量不足、各類海洋海岸工程建設和灘涂圍墾等是威脅長江口生態系統健康的主要因素。
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