全區河流總體水質狀況為優，出入境斷面水質優良，部分流經城市段河流受到不同程度污染。監測的79條河流172個斷面中，Ⅰ-Ⅲ類優良水質斷面占94.76%，Ⅳ類輕度污染水質斷面占2.91%，Ⅴ類中度污染水質斷面占0.58%，劣Ⅴ類重度污染水質斷面占1.75%。伊犁河、額爾齊斯河、阿克蘇河、白楊河等73條河流全河段水質均為優良;水磨河、克孜河、吐曼河、博爾塔拉河、喀什噶爾河等5條河流9個斷面受到不同程度的污染，其中水磨河、克孜河下游斷面為中度-重度污染，主要超標污染物為總磷、氨氮、五日生化需氧量、化學需氧量等。與上年相比，全區監測河流總體水質狀況穩定。

　 全區湖庫水質總體是高山或上游湖庫水質較好，下游或尾閭湖庫水質較差。監測的9個湖泊中，

天池、喀納斯湖、賽里木湖和艾力克湖水質優良;

博斯騰湖水質為輕度污染，主要超標污染物為化學需氧量;柴窩堡湖、烏倫古湖、艾比湖、吉利湖水質為重度污染，主要超標污染物為化學需氧量、總氮、氟化物、總磷等。監測的23座水庫中，19座水庫水質良好，4座水庫存在不同程度的污染，其中大泉溝水庫水質為輕度污染，主要超標污染物物為總磷;八一水庫、蘑菇湖水庫、猛進水庫等3座水庫水質為重度污染，主要超標污染物為總磷、氨氮、高錳酸鹽指數等。與上年相比，全區湖庫總體水質保持穩定。西克爾水庫總磷濃度上升，水質由良好轉變為輕度污染。