2013年，自治區人民政府批準實施《新疆維吾爾自治區2013年主要污染物總量控制計劃》。全區化學需氧量、氨氮排放總量控制在年度總量控制目標之內，二氧化硫、氮氧化物排放總量分別超出年度總量控制目標的0.39%和2.91%。

　 全區共發生突發環境事故10起，均屬于一般性突發環境事故，未發生較大環境污染事故。

　 全區受雪災、局地暴雨洪水、融雪型洪水、大風及沙塵暴、寒潮及霜凍、冰雹和大霧等自然災害影響，農作物受災面積為50.5萬公頃，絕收20.5萬公頃，受災人口190.75萬人，緊急安置轉移人口5.64萬人，死亡13人，無失蹤人員，倒塌和嚴重損壞房屋3.74萬間，一般損壞房屋8.1萬間，造成直接經濟損失42.16億元。

　 全區共發生地質災害36起，其中崩塌10起、滑坡6起、泥石流19起，地面塌陷1起;造成人員傷亡4人，直接經濟損失298.35萬元。

　　全區共發生森林火災31起，其中較大森林火災2起，一般森林火災29起。林業有害生物發生面積140.30萬公頃，其中天然林鼠害發生面積77.03萬公頃，人工林病害發生面積7.73萬公頃，蟲害發生面積51.78萬公頃，鼠害發生面積3.76萬公頃。

　 全區共發生草原火災4起，受害草原面積829.8公頃。草原蟲害發生面積230.73萬公頃，嚴重危害面積101萬公頃;鼠害發生面積475.933萬公頃，嚴重危害面積198.6萬公頃。毒害草危害面積約672.47萬公頃，嚴重危害面積94.67萬公頃。