2006年的牛市中，大部分基金公司迎來前所未有的好收成。因此，招商基金爆出6000多萬元的虧損簡直讓人難以置信。
招商證券股份有限公司(下稱"招商證券")的2006年報顯示，按照權益法核算，招商證券對招商基金公司(下稱"招商基金公司")的股權投資，在2006年損失約2757萬元。目前招商證券持有招商基金公司40%的股權。按此比例折算，招商基金公司在2006年虧損約6891萬元。
不過，招商基金公司虧損不等同于旗下基金遭遇虧損。2006年，招商基金公司旗下基金表現不俗。Wind資訊的統計數據顯示，招商優質成長基金自2006年初至今，凈值增長率超過300%；同期，招商安泰股票基金和招商先鋒基金的凈值增長率也超過200%。
除招商基金公司外，一些管理資產規模較小的基金公司也出現虧損，但虧損金額大多在2000萬元以內。和招商基金公司管理資產規模相近的基金公司則是大幅度盈利。
今年一季度末，招商基金公司管理資產規模約296億元，華寶興業基金公司管理資產規模約233億元，但是后者2006年凈利潤約為2840萬元。按照基金公司簡略盈利模式推斷，管理費收入扣除日常支出即位凈利潤，管理資產規模接近300億元的基金公司很難出現虧損。
對于虧損原因，該公司相關人士稱，是經營性虧損。
業內猜測，貨幣市場基金可能是導致基金公司虧損的主要原因之一。2006年，由于A股市場火爆，貨幣市場基金遭遇大規模贖回，同時加息和申購新股又導致市場利率提升。
招商貨幣市場基金在2006年報中寫道："本基金管理人為維護本基金正常平穩運作，保護基金份額持有人利益，在本年度承擔了本基金因遭受連續大量贖回，在市場利率上升的環境下出售債券產生的部分變現損失。"
除貨幣市場基金，固定收益基金中的中短債基金也難逃厄運。易方達月月收益中短期債券基金在2006年報中也稱，"本年度本基金曾經遭遇大額贖回，在非正常市場狀況下發生本基金債券交易較大的差價損失。"
聯合證券分析師冶曉梅表示，基金公司承擔基金投資損失，實際上保護了基金持有人的利益。(劉瑛）
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