港特區政府敲定港珠澳大橋香港口岸的選址，在赤臘角機場東北興建人工島，涉及填海約100公頃，約等于十分之一個機場。香港路政署指出，人工島位置接近東涌及未來發展區，施工期間，對周圍生態、水質、景觀及視覺均有影響，未來該口岸更可能需設置隔音屏障，附近住宅的噪音才不致超標。
據香港明報報道，香港路政署13日向環保署提交工程項目簡介，就機場東北興建人工島方案，申請做環境影響評估報告。簡介指出，填海提供土地予香港口岸的發展、重置受影響的機場設施如海運碼頭、將機場的旅客捷運系統伸延至口岸，與機場產生協同效應；至于屯門至赤臘角的連接路，則加強兩地區融合。
簡介指出，香港口岸毗鄰的工程，在施工期間共有8項，運作期間則有7項，包括港珠澳大橋香港連接線、屯門至赤臘角連接路、大嶼山物流園及東涌未來發展項目等。
該署去年已就上述選址做初步環評，例如空氣、水質、噪音、生態及漁業等，預期在施工及運作期間，都會有多方面影響，例如因填海造成海洋生態環境損失，對中華白海豚和其它生物的滋擾等。填海工程可能造成水流變化，令魚類產卵場損失和干擾漁業運作。
該署提交的地圖顯示，除了機場東北的陸地向東北面伸展，成為人工島，該島向西南伸展出去的港珠澳大橋香港接線，將會令東涌新市鎮及未來發展區的距離大大拉近至數百米，東涌北岸住宅區的現時無敵海景，將變成繁忙的交通要道。
香港海豚保育學會會長洪家耀表示，人工島選址毗鄰便是白海豚的重要棲息地大、小磨刀洲，每年夏、秋兩季，都會有大量白海豚，由西面水域沙洲及龍鼓洲，游到大、小磨刀洲覓食，若在機場東北面大規模填海，同時進行屯門至赤臘角連接路工程，加上該處是繁忙航道，海洋環境將變得非常惡劣，可能會“趕絕”白海豚，認為環評應一并考慮其它工程對海洋生態的影響，但總體來說，該方案較政府早前提出西面填海的方案，對生態的影響較小，因為香港西面水域的白海豚數量密集。
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